iTunesには音源の実体ファイルを統合する機能があるそうです。
音楽CDからのインポートではなく、あらかじめmp3やaacなどの音楽ファイル形式になっているファイルを、iTunesへドラッグ＆ドロップで追加した場合、実体ファイルは元の位置に置いたまま、ライブラリへはリンクが追加されます。
そのため、ライブラリ内の全ての音源の実体がiTunesの管理フォルダ内に存在するとは限らないそうなのですが、これだとファイルのバックアップなどに問題が生じます。
そこで、ライブラリ内の全ての音源をリンクではなく実体ファイルでコピーするのが、統合機能です。
少し前まで「統合」だったらしいのですが、最新版では「整理」になっています。
[ファイル] > [ライブラリ] > [ライブラリを整理]
とすると、iTunesの管理フォルダ内に全て集まります。設定画面からフォルダの場所を変えて整理してみたところ、上で音源と書きましたが、iPhoneアプリなどもコピーされました。