iPhoneを工場出荷リセットしたら、いくつかのファイルが同期し損ねました。iTunesをMacに移行後、リセットしない、ただの同期では問題はありませんでした。
バックアップ -> リセット -> 復元と順を追って、iPhoneをリセットしてみたところ、いくつかのアプリがiTunes上にはリストアップされていながらも、アイコンがグレーアウトしており、iPhoneには同期されませんでした。
アイコンがグレーアウトしているアプリは、~/Music/iTunes/iTunes Media/Mobile Applications/の下に、*.ipaというファイルが無いようです。ライブラリの整理(統合)のどこかの段階で失敗していたのかもしれません。
ただ、iPhone上では動いていたので、なぜバックアップ時にiTunesに同期されなかったのは不明です。
また、最近インストールしたアプリが同期されなかった訳でもなく、日付順でもサイズ順でも得に法則性がなく、同期されなかったファイルの基準も不明です。
アプリは再購入(再課金)なしにダウンロードし直せるそうですが、今回復元し損ねたアプリは無料の物ばかりだったので、実際に再購入が不要だったのかは不明です。
なお、再ダウンロード後にiPhoneと同期した場合、アイコンの位置は記憶されておらず、最後尾のページに追加されていました。
そもそも、今回工場出荷リセットした理由は、[設定] > [一般]を開くとフリーズする現象に何か変化が起きる事を期待しての物でしたが、そちらには良くも悪くも変化は起きずじまいです。
自分の所有しているAirMac ExpressやiPod nanoなどのApple製品は、Windows版の管理ユーティリティから設定すると挙動にやや不安定な点が見られたのですが、Macの同ユーティリ ティから設定し直すとそのような挙動が見られず改善する、という事例が２、３有りました。
このソ○ータイマーならぬ、アップルリミッターの様な物がiPhoneでも再現されないかと期待したのですが、むしろ状況が悪化しただけでした。