単純にフィルタの設定を移行したいだけであれば、Adblock Plusの標準機能としてインポート/エクスポートが用意されています。
旧プロファイルで適当な場所にテキストファイルとしてエクスポートし、新プロファイルで同ファイルをインポートすれば完了です。
もし、現在のヒット数や、最終ヒット日時まで含めて移行したいのであれば、下記のファイルをそのままコピーすれば可能です。
{profile dir}\adblockplus\patterns.ini
同じフォルダにバックアップファイルとして"patterns-backup1.ini"という数字付きのファイルもありますが、恐らく最新の設定は数字なしの単純な"patterns.ini"だと思われます。
この設定ファイル名はprefsの"extensions.adblockplus.patternsfile"に定義されていますが、ヘルプを見る限り、絶対パスでも指定可能とあります。デフォルトは相対パスの"adblockplus/patterns.ini"です。相対パスの起点はプロファイルフォルダです。
ヘルプが英語/ドイツ語/フランス語しかないので斜め読みですが、設定の移行に際してこのファイルを使え、という直接的な記述は見つかりませんでした。
このファイルのフォーマット変更は旧→新は可能だが、新→旧と戻す事は出来ないので、Adblock Plusのバージョンを戻すつもりなら、バックアップファイルは消さずに取っておけ。と言うような記述はありました。